Tras la muerte en julio de 1936 de Sanjurjo, líder del centro de operaciones de los sublevados y candidato a dirigir España, se formó la Junta de Defensa Nacional, en el que estaban Mola, Queipo de Llano, Franco y Goded, y dirigido por Miguel Cabanellas. Este organismo controlaba el territorio ocupado y dictó una serie de normas que anulaban el sistema republicano y prohibió todos los partidos excepto la CEDA, la Comunión Tradicionalista, los monárquicos, la Falange y las JONS.
Mola y Queipo buscaban un líder único, frente a Cabanellas que optaba por una separación de poderes en el mismo organismo. Gracias a su actuación en el Alcázar de Toledo, a sus méritos como general en Marruecos y en Asturias y a su trabajo como intermediario con los fascismos europeos, Francisco Franco fue elegido Jefe de Lanzamiento el 30 de septiembre, y Jefe de Gobierno de la zona sublevada y Generalísimo de los Ejércitos el 1 de octubre de 1936. A partir de entonces, la Junta de Defensa Nacional es sustituida por la Junta Técnica de Estado, con sede entre Valladolid y Burgos.
En abril de 1937, Franco elaboró el Decreto de Unificación, creando un partido único, eje de un estado totalitario: La Falange Española Tradicionalista y de las JONS, dirigido por el líder único. Sus miembros iban uniformados con una camisa azul y boina roja, y usaban símbolos fascistas como el saludo romano.
A finales de enero de 1938, se creó el Gobierno en el que Franco era jefe del Estado, del Gobierno y del ejército, proclamándose además Caudillo de España. Impuso normas rígidas en la zona sublevada basada en acabar con todo lo republicano, socialista, democrático o anticlerical:
- Supresión de la Constitución, de todas las reformas de la República (agraria, religiosa…).
- Prohibición del matrimonio civil, del divorcio y de las autonomías.
- Implantación de la pena de muerte.
- El Estado pasa a ser confesional y la Iglesia recibe un poder extraordinario. Esta se posicionó desde el principio a favor de los sublevados, y calificó el golpe como una cruzada. Se volvía a mantener al clero y el culto.
- La vuelta de las órdenes religiosas a la educación.
- La compañía de los jesuitas recupera su condición de orden religiosa.
- Se estableció el Fuero del Trabajo, que recogía las condiciones laborales, como la prohibición de la huelga, descanso dominical, salario mínimo, sindicato vertical…
De igual manera que en zona republicana, la represión franquista fue enorme. Se arrestó a izquierdistas en general (republicanos, comunistas, anarquistas…) y a sus conocidos, entre ellos dirigentes de partidos e intelectuales como Unamuno o Lorca. El sistema del terror funcionaba para evitar un posible levantamiento, haciendo uso del ejército y de grupos paramilitares falangistas, que torturaban y fusilaban a todo disidente.